Os remanescentes da vegetação natural ainda existentes na APA constituem refúgios para várias espécies animais ameaçadas de extinção, assim classificadas pela "Lista Oficial das Espécies da Fauna Brasileira Ameaçada de Extinção" (Portarias do IBAMA no 1.522, de 19/12/89, e no 106/92-N, de 30/12/92) e pelo Livro Vermelho da União Internacional para a Conservação da Natureza e seus Recursos - IUCN.
Existem indícios e relatos da ocorrência, nestes remanescentes da APA, de jaguatirica (Felis pardalis - Felidae), gato-do-mato (Felis tigrina - Felidae), gato-maracajá (Felis wiedii - Felidae), onça-parda (Felis concolor - Felidae), lobo-guará (Chrysocyon brachyurus - Canidae), lontra (Lutra longicaudis - Mustelidae), bugio (Alouatta fusca - Cebidae), macaco sauá (Callicebus nigrifons - Cebidae) e urubu-rei (Sarcoramphus papa - Cathartidae).